L'échantillon est stratifié à trois degrés :
- le premier degré est constitué de strates représentant les districts de santé;
- à l'intérieur de chaque strate sont tirés au deuxième degré des grappes; les grappes appartenant aux aires de santé;
- au troisième degré seront choisis au hasard dix (10) enfants éligibles et deux (2) adultes par grappe.
Conformément à la méthode standard d'enquête de l'OMS pour un intervalle de confiance de 95%, il y aura au total 4080 grappes pour les sept provinces méridionalles, soit au moins 40 800 enfants éligibles et 8 160 adultes.