La taille de l'échantillon a été déterminée en appliquant la formule usuelle n = 4pq/d où 4 est donné par le carré du score z au seuil de 5%, p est le taux de prévalnece de maladies, q son complémént à 1 (q = 1 - p) et d l'erreur de sondage tolérée. Le terme d'erreur a été pris égal à 5%. Selon les informations disponibles, la prévalence de maladies est estimée à 20%. Le nombre de malades à enquêter est donc de 1000 pour le Mali.
L'Enquête Démographique et de Santé, réalisée en 1995, (EDSM II) a servi de base de sondage. L'enquête a porté sur 801 ménages tirés de EDSM II. L'échantillon aréolaire de cette enquête est constituée de 300 grappes, tirées avec des probabilités proportionnelles au nombre de ménages recensés en 1987 dans chaque grappe.
La méthode de sondage retenue est l'échantillon stratifié. Trois strates ont été prises en compte: District de Bamao, autres centres urbains et le milieu rural, avec des taux de sondage différents.Par contre, un taux de sondage homogène a té appliqué à l'intérieur de chaque domaine, afin que les sous-échantillons des domaines soient auto-pondérés. Il a été adopté un tirage aléatoire, stratifié à deux degrés. Ainsi, au premier degré, 25 sections d'énumération (SE) ont été tirées: District de Bamako 7SE, les autres villes 9 et le milieu rural 9 SE. Compte tenu de la taille variable des strates, différents taux de sondage ont naturellement été appliqués. Au deuxième degré, des ménages ont été tiré à partir de la liste des ménages établie lors de l'opération de dénombrement de EDSM II. Au total, 778 ménages ont été retenus. Et tous les individus s'y trouvant ont été concernés par l'enquête. Afin que le tirage soit auto-pondéré au deuxième degré, le même nombre de ménages a été tiré dans chaque grappe. La répartition des ménages tirés selon le milieu de résidence était la suivante: District de Bamako 210 ménages, les autres villes 270, et le mileiu rural 298 ménages. Compte tenu du temps imparti et des moyens financiers limités, les régions septentrionales (Tombouctou, Gao et Kidal) ont été exclues de la base de sondage avant le tirage. Ces régions regroupent 11% des grappes.
L'échantillon est basé sur un sondage aréalaire stratifié et tiré à deux degrés. Au premier degré 801 grappes ont été tirées à partir de l'échantillon de l'Enquête Démographique. Pour que l'échantillon reste auto-pondéré à l'intérieur de chaque domaine d'étude, la répartition des 801 grappes entre les trois strates d'étude s'est faite de façon proportionnelle à la taille de la strate. Le tirage des grappes a été ensuite fait à l'intérieur de chaque strate, avec des probabilités égales. Un dénombrement exhaustif des ménages dans chacune des grappes a fourni une liste de ménages à partir de laquelle on a tiré, au deuxième degré, un échantillon de ménages. Le tirage des grappes s'est fait, de façon systématique, à partir de l'échantillon de l'Enquête Démographique, indépendamment, dans chaque strate d'étude, et avec des probabilités égales. Le nombre total de grappes à enquêter a été fixé à 25. Les probabilités de sondage ont été calculées séparement pour les différents degrés de sondage. Afin que l'échantillon soit auto-pondéré, le tirage des ménages a été fait de façon systématique avec des probabilités égales.
Pour les enquêtes auprès des tradipraticiens, des autorités sanitaires et pour les enquêtes qualitatives, les procédures n'obéissent pas à la rigueur statistique. Le choix des autorités s'est fait de façon raisonnée. Les tradipraticiens identifiés par les chefs de ménage ou les leaders des communautés ont été enquêtés. Parmi eux, certains ont été retenus pour l'entretien individuel.
Les participants au "Focus Group Discussion" ont été sélectionnés parmi les membres des ménages enquêtés, en distinguant quatre groupes: femmes âgées de moins de 30 ans, femmes âgées de 30 ans et plus, hommes âgés de moins de 35 ans et hommes âgés de 35 ans et plus.
Vingt trois autorités sanitaires et 23 tradipraticiens ont été enquêtés; 16 responsables communautaires, 736 ménages et 665 individus ont également été enquêtés. Neuf entretiens individuels avec des autorités sanitaires, 9 entretiens avec des guérisseurs et 11 Focus Group Discussion ont été organisés.


Le milieu urbain est surreprésenté dans l'échantillon des ménages enquêtés par rapport à la moyenne nationale.


Le taux de réponse de l'enquête auprès des ménages est 95%.


Les taux de pondération sont calculés pour chacune des strates de l'étude et à partir du nombre de ménages enquêtés, du taux global de tirage du ménage, du taux de pondération d'après le plan de sondage INRSP et du taux de pondération d'après le plan de sondage EDSM II.