La technique de sondage retenue est le sondage par grappe. La grappe est soit le village (en milieu rural) et le quartier (en milieu urbain). An premier dégré, 30 grappes sont sélectionnées. D'abord, toutes les grappes dont la prévalence connue est inférieure à 30 % sont éliminées. Ensuite, une grappe sur deux est choisie. Au deuxième dégré, le pas de sondage est égal au rapport entre le nombre de personnes âgées de dix à trente et neuf ans trouvées et le nombre de personnes à enquêter (34). Dans la région de Mayo Danay, l'échantillon était constitué de 1006 individus. A Bamendjing, du fait de la population et de la faiblesse de la prévalence connue, l'enquête était exhaustive.


L'échantillon effectivement enquêté présente un déséquilibre au niveau du sexe et du milieu de résidence. Dans le Mayo Danay, les hommes sont plus nombreux que les femmes (60,3% contre 39,7%). Alors qu'à Bamendjing, l'échantillon se répartit entre hommes et femmes (47,1% et 52,9%) d'une façon semblable à la moyenne nationale (48% contre 52%). L'échantillon enquêté de Bamendjing est exclusivement rural alors qu'au Mayo Danay il est composé de 62,1% de citadins et de 37,9% de ruraux.


Le taux de réponse est de 87,8% dans la région de Bamendjing et de 97,8% dans le Mayo Danay. Cependant les taux de non réponse aux questions ou de refus de répondre (variant entre 0 et 13%) sont plus élevés dans le Mayo Danay qu'à Bamendjing. Toutefois, les réponses concernant les maladies des quinze derniers jours et précisement la bilharziose sont inférieurs à 1%.


Pour corriger la citadinité de l'échantillon et son déséquilibre masculin, l'effectif des femmes a été pondéré par 1,7 et l'effectif rural par 5 dans le Mayo Danay.