La méthodologie de collecte adoptée est une adaptation de la méthodologie mise au point par l'IFORD pour les enquêtes sur la mortalité infantile et juvenile menées dans plusieurs capitales.
La première phase de la collecte a consisté à enregistrer toutes les naissances qui surviennent dans les maternités de la ville de Cotonou durant 12 mois consécutifs. La seconde phase de la collecte consistera à suivre ces nouveaux-nés dont les mères sont résidentes de Cotonou et à enquêter ces dernières aux 1er, 4ème, 8ème, 12ème, 16ème, 20ème et 24ème mois de leurs enfants