L'étude menée par l'IFORD consiste en une enquête utilisant une méthode d'observation suivie en deux phases. Au cours de la première phase de l'enquête, un échantillon de nouveau-nés est prélevé parmi les naissances survenues pendant une période de 12 mois dans chaque unité d'observation retenue. Toutefois, seules les naissances provenant des femmes résidentes de l'unité d'observation étudiée sont considérées. La deuxième phase de l'enquête consiste à suivre chaque nouveau -né de l'échantillon jusqu'à l'âge de 2 ans. Cette deuxième phase comporte 7 passages. L'intervalle de temps maximum séparant deux passages consécutifs qui est de 4 mois et le nombre des passages ont été choisis de manière à réduire les erreurs de datation dans l'observation des décès. Les informations recueillies au cours de la deuxième phase devraient permettre de connaître avec une précision satisfaisante le calendrier des décès et de déterminer le rôle des différents facteurs explicatifs du phénomène étudié.
Cette méthodologie nécessite une adaptation et beaucoup de précaution en milieu rural. C'est ainsi que des observatoires permanents sont mis sur pied dans les villages